次世代シーケンス受託解析サービス

ATAC-seq
(Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing)

Overviewサービス概要

『ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing)』は、オープンクロマチン領域、すなわちヌクレオソームのない領域の分布を網羅的に解析する手法です。
オープンクロマチン領域は、プロモーターやエンハンサーといった遺伝子発現制御領域に対応するもので、エピゲノムの骨格を調べる解析と言えます。ATAC-seqはオープンクロマチン領域の断片化とシーケンスライブラリー調製を同時に実施するため、用いる細胞数が少なくて済む上に、特定の抗体を使用しないため幅広い生物種で解析を実施できます。

ATAC-seqの利用用途 (ChIP-seqとの違い)

ATAC-seqの利用用途

注目したい細胞変化に関わる転写因子やヒストン修飾の探索に有効

  • 細胞の遺伝子発現を制御する転写因子を予測したい
  • 細胞に特異的なエンハンサー領域を予測したい
  • 細胞状態の維持・変化に繋がるエピゲノム制御の機序を予測したい

ChIP-seqの利用用途

特定の転写因子やヒストン修飾に興味が定まっている場合に有効

  • ゲノム上の転写因子やヒストン修飾の標的を捕捉したい
  • 疾患や細胞変化に関連する重要な転写因子やヒストン修飾を定義したい

参考記事

関連メニュー

Price参考価格

プラン リード長 データ量
リード数
参考価格
(/1サンプル)
参考納期
(サンプル受領日から)
サンプル要件
ATAC-seq
(凍結細胞から)
生データプラン 150×2 paired-end
(PE150)
9 Gb
60.0M reads
250,000円+税 6-8週
ATAC-seq
(凍結組織から)
生データプラン 150×2 paired-end
(PE150)
9 Gb
60.0M reads
お問い合わせ 6-8週
ATAC-seq ベーシック解析プラン - - お問い合わせ お問い合わせ -
  • ・ 日程調整の上、生細胞お持ち込みからの実験実施についても応相談にて承ります。
  • ・ データ量はお客様のご希望に応じて変更できますので、お問い合わせください。
  • ・ 参考納期は弊社がサンプルをお預かりした日から起算した週数です。
  • バイオインフォマティクス解析のみでも承っておりますので、お問い合わせください。

Planサービスプラン

 

RAW DATA PLAN

RD

生データプラン

取得したraw data(生データ)のみをご納品するプランです。既に解析方針を定められているお客様がご自身でデータ解析を進められることを前提としたプランです。

BASIC PLAN

BS

ベーシック解析プラン

マッピング、ピークコール後、各種描画データを作成の上、群間比較解析前にシグナル傾向を把握することができます。

STANDARD PLAN

SD

スタンダード解析プランオススメ人気No.1

ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。

オプション解析メニュー

  • その他、下記のような3群間以上での比較解析も対応可能でございます。
    お気軽にお問合せください。

    ・k-meansクラスタリング解析

    ・ベイズ推定を用いた多群比較解析

    ・時系列変動ピークの検出

*実施のために変動ピーク領域の検出が必要となります。

ORDER MADE PLAN

OM

オーダーメイド解析プラン

ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが必要です。

Toolピーク比較解析ツール
「RIAS® Peak Explorer」

RIAS® Peak Explorerは、ピーク比較解析ツールです。
対象となるエピゲノム制御領域の生物学的な意義・役割を予測していく際、複雑なコーディングやツールの使い分けをすることなく、
簡易的・直感的に、複数のATAC-seqデータ・ChIP-seqデータ・ゲノムの比較解析ができます。

ATAC-seqのご依頼の場合、当社開発のピーク比較解析ツール「RIAS(ライアス) Peak Explorer」を120日間ご利用頂けます。
本ツールは、以下のように活用いただけます。

  • 複数転写因子に共通あるいは各々に特異的な結合領域を予測する
  • 転写因子が条件の違いによりどのように結合領域を変化させるかを予測する
  • 転写因子の条件特異的な標的遺伝子を予測する
  • 細胞特異的なエンハンサー領域にどのような転写因子が結合するかを予測する
  • 医学生命科学研究者のためのサポートクラウドツール

    Example解析例

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