次世代シーケンス受託解析サービス

真核生物RNA-seq
(Poly-A選択法, Strand-specific)

Overviewサービスの概要

次世代シーケンサーを用いて遺伝子発現の網羅的解析を実施します。
『真核生物RNA-seq(Poly-A選択法, Strand-specific)』では、Poly-A配列を持つ真核生物のメッセンジャーRNA(mRNA)を選択してライブラリー調製を行います。そのため、Poly-Aの構造を持たない原核生物のmRNAには適用できません。

RNA-seqは、特定のRNA配列をキャプチャーするマイクロアレイとは異なり、転写産物を網羅的に検出することができます。転写産物の配列を網羅的に調べることで、未知のmRNAアイソフォームやスプライシングバリアントを含む多くの転写産物の情報を得られます。さらに、RNA-seqで得られたデータと比較可能な公共データも豊富に存在するため、遺伝子転写産物の解析における汎用性の高い方法として知られています。

参考記事

関連メニュー

Price参考価格

プラン リード長 データ量
リード数
参考価格
(/1サンプル)
参考納期
(サンプル受領日から)
サンプル要件
真核生物RNA-seq
(Poly-A選択法, Strand-Specific)
生データプラン 150×2 paired-end
(PE150)
4 Gb
26.7M reads
32,000円+税 4-7週
真核生物RNA-seq
(Poly-A選択法, Strand-Specific)
ベーシック解析プラン - - お問い合わせ お問い合わせ -
  • ・ オプションでRNA抽出(別途料金)から承ることもできます。
  • ・ データ量はお客様のご希望に応じて変更できますので、お問い合わせください。
  • ・ 参考納期は弊社がサンプルをお預かりした日から起算した週数です。
  • バイオインフォマティクス解析のみでも承っておりますので、お問い合わせください。

Planサービスプラン

 

RAW DATA PLAN

RD

生データプラン

取得したraw data(生データ)のみをご納品するプランです。既に解析方針を定められているお客様がご自身でデータ解析を進められることを前提としたプランです。

BASIC PLAN

BS

ベーシック解析プラン

基本的な解析を実施するプランです。各サンプルの遺伝子発現の定量及び各種描画データをもとに群間比較解析前に発現傾向を把握することができます。

STANDARD PLAN

SD

スタンダード解析プランオススメ人気No.1

ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。

オプション解析メニュー

  • その他、下記のような3群間以上での比較解析も対応可能でございます。
    お気軽にお問合せください。

    ・k-meansクラスタリング解析

    ・ベイズ推定を用いた多群比較解析

    ・時系列変動遺伝子解析

    ・DEGの共通項評価(ベン図作成含む)

*実施のために発現変動遺伝子(DEG)解析が必要となります。

ORDER MADE PLAN

OM

オーダーメイド解析プラン

ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが必要です。

Toolグラフ化ツール
「RIAS® Visualization」

RIAS® Visualization は、次世代シーケンスデータをはじめとする網羅生命科学データを自在にグラフ化し、その生物学的意義の理解を円滑にすることを目的としています。各種グラフについて、特定の遺伝子や外れ値を除いたデータ等、お客様のご希望と目的に即したグラフを再作成できます。

ベーシック解析プラン以上をご依頼の場合、グラフ作成ツール「RIAS(ライアス) Visualization」を120日間ご利用いただけます。
本ツールは、以下のように活用いただけます。

  • 発現量の閾値を変えて、グラフを再作成する
  • 外れ値となるサンプルや不要な遺伝子を除いて、グラフを再作成する
  • 特定の遺伝子に注目してグラフを作成し、発現変動の有意性を評価する
  • 特定の生物学的機能に関わる遺伝子のみのヒートマップを作成する
  • 医学生命科学研究者のためのサポートクラウドツール

    Example解析例

    SCROLL

    Q&Aよくある質問

    目的によって異なりますが、ヒト・マウスの場合、単純な遺伝子発現解析のみであれば1サンプルあたりペアエンドで2000万リード以上のデータ取得が推奨されています。

    mRNAのみをターゲットとして解析する場合は「Poly-A選択法」を選択し、mRNAのみならず、rRNA以外のnon-coding RNAも含めて発現量を解析したい場合は「rRNA除去法」を選択することが一般的です。

    ヒト・マウスの場合、当社では1サンプルあたり4000万リード以上のデータ量を推奨しています。

    ヒト・マウスの場合、対象とする組織や発現量によって、一般的に1500〜7000万リードが必要と言われています。
    当社では1サンプルあたり5000万リード以上のデータ量を推奨しています。

    1プロジェクトにつき36Gb以上のデータ取得を推奨しております。サンプル数については指定はございません。
    (例)
    ・6サンプルでのご依頼の場合は各サンプル6Gb以上の取得を推奨
    ・9サンプルでのご依頼の場合は各サンプル4Gb以上の取得を推奨

    可能です。2群間総当たりで比較する場合と、全群で比較するパターンがございます。それぞれ料金が異なりますので、詳細はお問い合わせください。