『WGBS(Whole Genome Bisulfite sequencing)』は、全ゲノム領域を対象として次世代シーケンサーによるDNAメチル化レベルの解析を行う手法です。
バイサルファイト試薬を用いてDNAを処理後、リファレンスゲノム配列から予想された仮想バイサルファイト処理DNA配列と、次世代シーケンサーで解読された配列を比較することで、個々のシトシン塩基のメチル化状態を解析します。
DNAメチル化解析の意義
DNAのメチル化は対象配列のDNA結合因子との親和性を変化させるため、DNAの配列変異と同様に、遺伝子発現の変化を引き起こし得ます。このことから、通常の配列解析では見えない遺伝子発現制御の変化を明らかにする目的で実施されます。また、DNAのメチル化が様々な疾患や健康状態に相関するエピジェネティック・バイオマーカーとして機能することが報告されています。
WGBSの利用用途 (RRBSとの違い)
WGBSの利用用途
ゲノム全体をターゲットとしてあらゆる領域のメチル化状態を包括的に解析するのに有効
- 全ゲノムでのCpG, CHG, CHH領域のメチル化レベルを解析したい
- 全ゲノムレベルで5-mC(5-メチルシトシン)を解析したい
RRBS-seqの利用用途
コストを抑えて、CpG領域のみのメチル化レベルを解析するのに有効
- コストを抑えながら300-500万のCpG領域のメチル化レベルを定量したい
- CpG領域に焦点を当てて解析したい