よくあるご質問
FAQ
サービスに関連するよくあるご質問を
まとめています。
FAQ サービスについて
一部のメニューを除き、基本的には1検体からご依頼いただけます。
シーケンスデータ量やリード数は、研究目的やアプリケーションによって異なります。判断が難しい場合は、お気軽にお問い合わせください。
納品形式は、クラウドストレージ(MEGA)によるダウンロードリンク形式または記録媒体からお選びいただけます。ご依頼時にご提出いただく依頼フォームにて、ご希望の納品方法をご選択ください。なお、ご選択頂かない場合はクラウド納品が標準となります。
データの保管期間はシーケンスデータ取得のみをご依頼いただいた場合は、納品のご連絡から3ヶ月間、データ解析を含むご依頼の場合は、納品のご連絡から1年間となります。保管期間を過ぎたデータについては、お客様への事前連絡なく削除いたしますので、あらかじめご注意ください。なお長期保管をご希望の場合は、ご依頼時に必ずその旨をご相談くださいますようお願いいたします。
はい、ご依頼前のご相談も歓迎しております。研究のご計画や目的に応じて、アプリケーションや解析内容についてのお打ち合わせも可能ですのでお気軽にお問い合わせください。
サンプルをお預かりする前であればキャンセル可能です。サンプル受領後は、進捗状況に応じてキャンセル費用が発生する場合がございます。
詳細はご依頼時にご相談ください。
サンプル要件に記載されている値は、弊社の推奨値です。要件を下回る場合でもご依頼は可能ですが、QC判定に影響する可能性がありますので、あらかじめご了承ください。
はい、弊社ラボへの直接のお持ち込みも可能です。一部のアプリケーションでは事前に実験日程の調整が必要となる場合がありますので、事前にお問い合わせください。
各施設からの発送を個別に受け付けることも可能です。その際は、全サンプルが揃ってから解析を開始しますので、発送予定日や到着見込みを事前にご連絡ください。
はい、ご依頼いただけます。再解析をご希望の際は、対象となるデータと、実施をご希望の解析内容を添えてお問い合わせください。
解析内容によっては対応可否の確認が必要となる場合もございます。
はい、ご依頼いただけます。過去のデータと組み合わせて解析をご希望の場合は、該当の商談番号(RHから始まる8桁の番号)を添えてお問い合わせください。
お客様自身または他社サービスで解析されたデータを元に、追加解析をご依頼いただくことも可能です。事前にどのような処理が行われたかを確認する必要があるため、データをご提出いただいた上で、対応の可否をご連絡いたします。
なお、内容によっては確認に伴う調査費用が発生する場合がありますので、あらかじめご了承ください。
FAQ QC(クオリティチェック)について
Hold判定は、弊社基準値を下回っているものの、ライブラリー調製やシーケンス工程へ進行することが可能と判断された場合に適用しております。ただし、出力されるデータの品質は通常よりも低下する可能性がございます。Fail判定は、明らかに品質に問題があると判断された場合に適用し、再送などのご対応をお願いすることが多くなっております。
通常は3〜4 µLを使用しております。再泳動などを行う場合は、もう少し多くの液量を使用することがございます。
QCレポートに記載されている液量(Volume)は、あくまでもQC実施後の残量を示しております。ご提出時よりも液量が減っている場合、蒸発などの影響が考えられますので、余裕を持った液量でご提出いただくことをおすすめしております。
サンプルの濃度が高い場合や、液量が少ない場合には、QCの前処理として希釈を行うことがございます。
そのため、QCレポートには希釈後の液量が記載されている場合がございます。
サンプルのロスを防ぐためや、濃度が高すぎる場合に適切な濃度へ調整するために、QC前に希釈を行うことがございます。
弊社では、QC時の濃度測定に蛍光法(Qubitなど)を使用しております。NanoDropは吸光度による測定のため、不純物の影響を受けやすく、蛍光法と比較して濃度に差が生じることがございます。
進行は可能ですが、品質が基準を下回る場合は、ライブラリー調製やシーケンス工程での失敗リスクが高くなります。品質が原因で実験が失敗した場合でも、一度実施した工程に対しては費用が発生いたしますので、あらかじめご了承のうえで進行可否をご判断ください。
原則として、弊社にてQCを実施することを前提に解析を進めております。ご提出いただいたサンプル量が少ない場合でも、品質確認のためのQCは基本的に必要ですのでご了承ください。ご事情によりQCを省略したい場合は、事前にご相談ください。
事前QCは必須ではございません。弊社にてQCを実施いたしますので、そのままご提出いただいて問題ありません。ただし、QC結果が不十分でキャンセルとなった場合でも、それまでに発生した費用(QC費用等)はご請求対象となりますので、あらかじめご了承ください。
対応可能です。一部のサンプルのみを先に実施し、結果をご確認いただいたうえで残りの進行可否を判断いただくことができます。ただし、残りのサンプルについてはできる限りお早めにご判断ください。
可能です。ただし、当初のシーケンス予定数を超えてQCを実施する場合、追加分のサンプルに対してQC費用(4,000円+税/検体)が発生します。ご希望の進行方針がある場合は、サンプルご提出前にお知らせください。
差し替えは可能です。QC結果が不十分だった場合に、別のサンプルをご提出いただくことが可能です。ただし、QCの無償対応は同一検体につき2回目までとなります。3回目以降はQC費用(4,000円+税/回)が発生いたしますので、あらかじめご了承ください。
同一サンプルの再送は、2回目までは無償で対応しております。3回目以降の再送につきましては、QC費用として 4,000円+税/回 を申し受けております。
再送をご希望の際は、弊社よりお渡ししたQC結果ファイル(Excel)の対象サンプル行を黄色でマーキングし、濃度・液量の情報を更新のうえご返送ください。ご記入内容をもとに再送の受付と処理を進めさせていただきます。
原則として、サンプルの再送はQC実施日から3ヶ月以内にお願いいたします。期限を超過した場合は、キャンセル扱いとなる可能性がございますので、できる限りお早めにご対応ください。
再送をご希望の際に、初回サンプルの再利用もご希望される場合は、再送の意向をご連絡いただくタイミングで、その旨もあわせてご連絡ください。事前のご連絡がない場合、初回サンプルは破棄される可能性がございます。
可能です。再送サンプルのQC結果をご報告する際に、初回サンプルを使用する旨をご指定ください。
サンプルの返却をご希望の場合は、必ず事前にご連絡ください。事前連絡がない場合、原則として返却対応はいたしかねます。なお、サンプルの状態やアプリケーションの内容によっては、返却ができかねる場合がございます。あらかじめご了承くださいますようお願い申し上げます。
また、サンプルのご返却をご希望の場合は返却費用(30,000円+税/一式)を別途ご請求させていただきます。
Passサンプルの再送をご希望の場合は、できる限り早めにご相談ください。すでにライブラリー調製などが進行している場合は、作業を停止できない可能性がございます。
混合をご希望の場合は、QC後にその旨をご連絡ください。なお、調製済みライブラリーをご提出いただいた上での混合には対応しておりませんのでご注意ください。
ご提出いただくサンプルの種類や目的によって、適切な抽出方法や使用キットは大きく異なります。弊社では、特定の抽出キットを推奨することは原則として行っておりません。抽出方法の選定に不安がある場合は、用途やサンプル条件をできる範囲でお知らせいただけましたら、一般的な注意点などをご案内させていただきます。
FAQ RNAサンプルQC について
RIN(RNA Integrity Number)とは、RNAの分解の程度を数値化した指標で、1.0〜10.0の範囲で評価されます。数値が高いほどRNAが分解されておらず、品質が高い状態であることを示します。弊社では原則として、RIN値が7.0以上のRNAを良好と判断しております。
DV200やDV500は、RNA断片長の分布に基づいて算出される指標で、200bpまたは500bp以上の長さを持つ断片が、全体のうちどの程度の割合を占めているか(%)を示します。値が低い場合、RNAが断片化していると判断されるため、特にFFPEサンプルなどの品質評価に用いられます。
分解が進んでいるRNAでは、3' bias(3'末端への偏り)やrRNAの除去不良が発生しやすくなります。これにより、遺伝子発現量の定量精度が低下するなど、解析結果の信頼性に影響を及ぼす可能性があります。
RNAの分解は主に以下のような要因によって引き起こされます。
・適切な温度管理がされていない状態での保存
・組織採取から凍結までに時間がかかってしまった場合(凍結遅延)
・RNA安定化試薬(RNAlaterなど)が使用されていない場合
これらにより、RNAの劣化が進行し、解析への影響が生じる可能性があります。
はい、影響する可能性があります。組織が大きすぎる場合、中心部までの凍結に時間がかかるため、内部のRNAが分解してしまうリスクが高くなります。また、RNAlaterなどの安定化試薬を使用する場合も、組織サイズが大きいと内部まで十分に浸透せず、分解を防ぎきれないことがあります。そのため、提出前に組織を適切なサイズ(例:3〜5 mm角など)に分割し、速やかに凍結または安定化処理を行うことを推奨しております。
RNAが分解している場合などには、rRNA除去法を用いることで対応可能なケースもあります。ただし、RNAの断片化が進んでいるとrRNAの除去効率が低下し、残存rRNAが解析に影響を及ぼす可能性があるため、注意が必要です。また、ご提出いただけるRNA量が少ない場合には、微量サンプル対応のプランもご用意しておりますので、併せてご相談ください。
DNAの混入は、電気泳動による高分子ピークの検出などから判断されます。混入がある場合、シーケンスリードへのDNAの混入や、RNA量の過大評価といったリスクがあり、正確な解析結果に影響を及ぼす可能性があります。
はい、有償にて対応可能です。ただし、サンプル量がごく少ない場合には、操作中のロスが発生する可能性がございます。
また、精製後の回収量や品質については保証いたしかねますので、あらかじめご了承のうえでご依頼ください。
FAQ DNAサンプルQC について
DIN(DNA Integrity Number)は、DNAの分解の程度を数値化した指標です。1.0〜10.0の範囲で評価され、数値が高いほど分解が少なく、良好なDNAであることを示します。逆にDINが低い場合は、DNAが分解している可能性が高いと判断されます。
DINが低い場合はDNAの分解が進んでいる状態であり、ライブラリー調製や下流解析に影響する可能性があります。このような事態を防ぐためには、迅速な抽出処理や凍結融解の回避など、サンプルの取り扱いに注意が必要です。特にFFPEサンプルやメタゲノム検体では、そもそも分解の進んだDNAしか得られない場合があり、改善が難しいこともあります。
PCRの失敗にはさまざまな要因が考えられます。代表的なものとして、DNA溶液中の塩濃度が高い場合や、有機溶媒・フェノールなどの不純物が混入している場合には、ポリメラーゼの活性が阻害されることがあります。また、DNA自体の分解や構造異常が影響することもあり、原因の特定が難しい場合も少なくありません。
はい、有償にて対応可能です。ただし、サンプル量がごく少ない場合には、操作中のロスが発生する可能性がございます。また、精製後の回収量や品質については保証いたしかねますので、あらかじめご了承のうえでご依頼ください。なお、高分子DNAについては精製の対応をいたしかねますので、あらかじめご了承ください。
FAQ ライブラリーQC について
弊社でライブラリーを調製した場合は、ライブラリーQC結果(qPCRやサイズ測定結果)のご報告は行っておりません。一方で、お客様が調製されたライブラリーをお預かりした場合には、弊社にて実施したQC結果をご報告いたします。
ライブラリーQCにおいてqPCRにより濃度を測定し、BioanalyzerまたはLabChipによりサイズ分布を確認しています。これにより、ライブラリーがシーケンスに適した品質であるかどうかを評価します。
使用する測定機器やチップの種類、また測定時の条件の違いによって、ライブラリーサイズに誤差が生じることがあります。そのため、測定結果はあくまで目安としてご確認いただくようお願いしております。
「Containing small fragment」とは、ライブラリー内に目的外の小さな断片(例:adapter dimerなど)が含まれている可能性があることを示します。この場合、下流のシーケンスに影響を及ぼす可能性があるため、進行の可否についてはお客様とご相談のうえで判断させていただいております。
Adapter dimerとは、ライブラリー調製時にアダプター同士が結合して生じる120bp前後の低分子断片を指します。この断片が多く検出される場合、有効なシーケンスデータが得られにくくなるため、基本的にはFail判定となります。
シーケンスへの進行は可能ですが、ライブラリー濃度が低い場合は、規定のシーケンスデータ量が得られない可能性があります。
進行の可否については、QC結果をもとに個別にご相談させていただきます。
ライブラリーサンプル同士の混合による濃度調整は承っておりません。
ライブラリーサンプルに対する濃縮・精製・Pooling(混合)は承っておりません。
FAQ シーケンス結果 について
fastqファイルとは、シーケンサーから出力される生データファイルで、各リードの配列情報とそれに対応する塩基ごとの品質スコアが記録されています。解析ソフトでの処理や評価に使用される基本的なデータ形式です。
fastq.gzファイルは圧縮された形式のため、解凍してから使用する必要があります。Windowsをご利用の場合は、WinZipや7-Zipなどの解凍ソフトをご使用ください。Macをご利用の場合は、ターミナルで gunzip ファイル名 と入力することで解凍できます。
fastqファイルは、リードの品質評価やマッピング、発現量の定量などさまざまな解析工程で使用される基本フォーマットです。使用するソフトウェアは用途によって異なり、FastQC(品質確認)などの無償ソフトに加え、有償ソフトも一部ございます。
正常にダウンロードされなかった可能性があります。ネットワークの接続状況やセキュリティ設定の影響も考えられます。
お手数ですが、再度ダウンロードをお試しください。それでも改善されない場合は、弊社までご連絡いただけますと幸いです。
fastq.gzファイルは容量が非常に大きいため、ダウンロードに時間がかかる場合があります。
通信環境が安定しているタイミングや、ネットワーク負荷の少ない時間帯での再試行をおすすめします。
ペアエンド(Paired-end)方式でシーケンスを行っているためです。1つのDNA断片の両端をそれぞれ読み取るため、read1(順方向)とread2(逆方向)の2つのファイルがサンプルごとに生成されます。
md5値とは、ファイルの整合性(改ざんや欠損の有無)を確認するために付与されるハッシュ値です。納品時に添付されるmd5値とダウンロード後のファイルのmd5値が一致していれば、データが正しく取得できていると判断できます。
Windowsをご利用の場合は「HashMyFiles」などのツール、Macをご利用の場合はターミナル(Terminal)で「md5」コマンドを使用することで確認できます。
md5値が一致しない場合、データが正しくコピーまたはダウンロードされていない可能性があります。恐れ入りますが、まずは再度ダウンロードをお試しください(ネットワークの安定した環境での操作を推奨いたします)。再ダウンロードでも改善されない場合は、お手数ですが弊社までご連絡ください。
使用されているライブラリー調製キットによって異なるため、個別にお問い合わせください。
原則として納品ファイル一式をすべてダウンロードしてください。一部のファイルだけでは解析やデータ確認に支障が出る可能性があります。
ファイルがzip形式で圧縮されている場合は、展開(解凍)してからご確認ください。展開後も閲覧できない場合は、ファイル形式や使用ソフトをご確認のうえ、お手数ですが弊社までご連絡ください。
ご使用のブラウザに依存する可能性があります。Google Chromeなどの別のブラウザで開いていただくか、ファイルを再ダウンロード・展開のうえ、再度ご確認をお願いいたします。
VCFファイルの確認には、IGV(Integrative Genomics Viewer)やVCF Viewerなどの専用ツールの使用を推奨しています。ファイルサイズが大きくExcel等では正しく表示されない場合があるため、専用ソフトでの閲覧をご検討ください。
納品から30日を過ぎた場合、クラウド上のデータはアクセスできなくなります。納品から3ヶ月以内であれば再アップロードにて対応可能ですので、ご連絡ください。
HDDとは別送でパスワードを記載したメールをお送りしております。
万が一届いていない場合は、お手数ですが商談番号を添えてご連絡ください。
入力時に前後の空白や全角・半角の違いが含まれていると、正しく認識されない場合があります。コピー&ペーストの際はご注意ください。
それでも解決しない場合は、商談番号を添えてご連絡ください。