毎年ご好評いただいております、『冬のシーケンスキャンペーン』が今年も開催中です。
お得な価格でご提供しておりますので、是非この機会にご利用下さい。
※本キャンペーン価格は、データ取得まで(Raw Data納品)の価格となります。
核酸抽出やバイオインフォマティクス解析も承りますので、お気軽ご相談下さい。
キャンペーン内容は下記のバナーよりご確認下さい。
ATAC-seq
（Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing）
Campaignキャンペーン
Overviewサービス概要
『ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing)』 は、オープンクロマチン領域の分布をゲノムワイドに解析し、遺伝子発現に関わる転写因子の結合や種類、分布などを予測します。
凍結組織または凍結細胞から核を抽出し、転写活性の高い領域や調節エレメントを含むオープンクロマチン領域の分布を網羅的に解析し、転写因子やその他の調節因子が結合できるのかを特定します。
オープンクロマチン領域の断片化とライブラリー調製を同時に実施するため、少量サンプルから高感度かつ高効率で解析が可能となっています。また抗体を使用しないため幅広い生物種での解析が可能となっています。
注目したい細胞変化に関わる転写因子やヒストン修飾の探索に有効な手法となります。
データ解析では、変動ピーク領域の検出を実施し、2群間において、シグナル値が有意に変動しているピークを統計的に算出し、変動ピーク領域とその近傍遺伝子のリストに加え、ピーク領域に絞ったヒートマップおよびシグナルヒートマップをご覧いただけます。
また結合モチーフ解析を実施し、変動ピーク領域の検出により絞り込まれた領域において、転写因子の結合モチーフを探索し、各領域において特異的に濃縮された転写因子結合モチーフのリストや、
変動ピーク領域の近傍遺伝子情報を利用し、有意に濃縮されたGOタームを解析し、GOタームのリストに加え、棒グラフやGOターム階層図、Bubble plotをご覧いただけます。
さらに、ATAC-seqとRNA-seqを統合解析することで、オミクス間の関係を可視化した各種図版を作成します。
その他公共データと組み合わせた統合解析や指定の図版作成などのオーダーメード解析も承っております。
ATAC-seqの利用用途 （ChIP-seqとの違い）
ATAC-seqの利用用途
注目したい細胞変化に関わる転写因子やヒストン修飾の探索に有効
- 細胞の遺伝子発現を制御する転写因子を予測したい
- 細胞に特異的なエンハンサー領域を予測したい
- 細胞状態の維持・変化に繋がるエピゲノム制御の機序を予測したい
ChIP-seqの利用用途
特定の転写因子やヒストン修飾に興味が定まっている場合に有効
- ゲノム上の転写因子やヒストン修飾の標的を捕捉したい
- 疾患や細胞変化に関連する重要な転写因子やヒストン修飾を定義したい
参考記事
関連メニュー
Planサービスプラン
RAW DATA PLAN
RD
生データプラン
取得したraw data（生データ）のみをご納品するプランです。既に解析方針を定められているお客様がご自身でデータ解析を進められることを前提としたプランです。
BASIC PLAN
BS
ベーシック解析プラン
マッピング、ピークコール後、各種描画データを作成の上、群間比較解析前にシグナル傾向を把握することができます。
STANDARD PLAN
SD
スタンダード解析プランオススメ人気No.1
ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。
*実施のために変動ピーク領域の検出が必要となります。
ORDER MADE PLAN
OM
オーダーメイド解析プラン
ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが必要です。
Order Exampleご依頼例
| ご注文例 | プラン | リード長 | データ量 リード数 |
参考納期 (サンプル受領日から) |
サンプル要件 |
|---|---|---|---|---|---|
| ライブラリー調製およびシーケンスデータ取得まで | 生データプラン | 150×2 paired-end （PE150） |
9 Gb 60.0M reads |
お問い合わせ | |
| ライブラリー調製およびシーケンスデータ取得 ＋シグナルピークの検出 |
ベーシック解析プラン | 150×2 paired-end （PE150） |
9 Gb 60.0M reads |
お問い合わせ | |
| ライブラリー調製およびシーケンスデータ取得 ＋シグナルピークの検出 ＋変動ピーク領域の検出 |
スタンダード解析プラン | 150×2 paired-end （PE150） |
9 Gb 60.0M reads |
お問い合わせ |
- ・ 日程調整の上、生細胞お持ち込みからの実験実施についても応相談にて承ります。
- ・ データ量はお客様のご希望に応じて変更できますので、お問い合わせください。
- ・ 参考納期は弊社がサンプルをお預かりした日から起算した週数です。
- ・ バイオインフォマティクス解析のみでも承っておりますので、お問い合わせください。
Example解析例
SCROLL
