全ゲノムシーケンス
(Whole Genome sequencing:WGS)
Illumina NovaSeq 6000を用いて、対象サンプルのすべての配列を低価格かつ迅速に解析します。
ヒト・細菌・動植物に適用可能です。
生データプラン価格(データ取得のみ)
データ転送費などの追加費用コミ
多検体でさらにディスカウント◎
Illumina platform | データ量 | 取得リード長 | 価格/1検体(税抜) | 納期 |
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WGS(PCRあり) | 90Gb | PE150 | ¥143,000 | 5-8週 |
WGS(PCRフリー) | 90Gb | PE150 | ¥143,000 | 5-8週 |
細菌・真菌 WGS(PCRあり) | 1Gb | PE150 | ¥35,000 | 5-8週 |
細菌・真菌 WGS(PCRフリー) | 1Gb | PE150 | ¥35,000 | 5-8週 |
データ量指定 WGS(PCRあり) | お客様指定 | PE150 | 問合せ | 5-8週 |
データ指定 WGS(PCRフリー) | お客様指定 | PE150 | 問合せ | 5-8週 |
※上記はDNA受入時の価格です。納期はサンプル受領日からの起算です。
データ解析例
データ解析プラン価格(データ解析のみ)
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ベーシック解析
価格お問合せ
基本的な解析を実施するプランです。ベーシック解析では各サンプルの全ゲノム領域上の変異または多型(SNP 、Indelなど)を検出の上、アノテーションを付与し、表形式でご覧いただけるデータをお渡しします。
1.データQC
2.トリミング
3.マッピング
4.重複リードの除去
5.変異または多型の検出*
6.変異または多型のリスト作成*
7.変異または多型へのアノテーション[dbSNP,SNPeFF他]*
8.Rhelixa Variant Viewer**の提供(変異部位の視覚化 ※ヒトのみ)*検出される変異または多型の種類としてはSNPs (single-nucleotide polymorphisms)/small indels (insertions・deletions)/MNPs (multi-nucleotide polymorphisms)/複合的なイベント(composite insertion・substitution events)となります。
**Rhelixa Variant Viewerは変異部位をWebブラウザ上で用いて俯瞰的にご覧いただけるツールです。 -
スタンダード解析
価格お問合せ
ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。なお、SV解析およびCNV解析については生物種により実施できない場合がございますので、事前にご相談ください。
オプション解析メニュー
・群特異的SNP/Indelリストの作成
・SV解析*
・CNV 解析**
・VAFの算出****SV=Structural variation(構造変異解析)
**CNV=Copy number variation(コピー数変異解析)
***VAF=Variant Allele Frequency(変異アレル頻度)その他、GWAS解析やQTL解析など、上記に記載のない解析も対応可能ですのでお問い合わせください。
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オーダーメイド解析
価格お問合せ
ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが原則必要です。
・参考文献を基にした解析
・標準サービスメニューに複数回の閾値変更を加えた解析
・他アプリケーションデータとの統合解析
・公共データとの統合解析
・論文用図版作成など
※スタンダード解析における基本比較解析項目(DEG, GO, パスウェイ解析)につきましては、1検体当たりの料金ではなく、2群1比較=1パターンとして、1パターン当たりでの料金設定となります。
※多群比較の場合、1パターンあたりの比較解析料金がディスカウントされますので、お問い合わせ備考欄に実験群(N=●,●群,計●●検体)と比較パターン数(●パターン)をご教示ください。
※プレミアム解析プラン:上記プランのほかに、お客様の研究分野に関する情報を頂き、論文化や事業化までの研究サポートを行うプランもございます。
サンプル受入要件
よくある質問
DNA抽出は最低4検体以上から承っております。生物種・組織によって対応できない場合がございますのでご相談ください。
変異検出の信頼性を保つため、当社では30xカバレッジ(ヒトの場合、90Gb)でのシーケンスを推奨しております。
[参考] データ量ごとの変異検出信頼性|Figure 3, Illumina社 公式資料より
SNPおよびIndelに対して、トランスクリプトに対する塩基・アミノ酸置換部位・タンパク質への影響・疾患情報(Clinvar)におけるアリル頻度情報を付与します。
また、高次解析スタンダードプランをご依頼のお客様へは、変異部位を視覚的に確認できるアプリケーション(Rhelixa Variant Viewer)を提供します
ゲノムワイドに検出したSNPを用いて、特定の形質に作用する可能性のあるゲノム領域を探索します。
2群以上において各群で共通する、または群特異的なSNP/Indelを探索し、リストを作成します。