全ゲノムシーケンス
（Whole Genome sequencing：WGS）
Illumina NovaSeq 6000を用いて、対象サンプルのすべての配列を低価格かつ迅速に解析します。
ヒト・細菌・動植物に適用可能です。
生データプラン価格（データ取得のみ）
データ転送費などの追加費用なし！
多検体でさらにディスカウント◎
| Illumina platform | データ量 | 取得リード長 | 価格/1検体(税抜) | 納期 |
|---|---|---|---|---|
| ヒト WGS | 90Gb | PE150 | ¥110,000 | 4-6週 |
| ヒト WGS（PCRフリー） | 90Gb | PE150 | ¥130,000 | 6-8週 |
| 動植物 WGS | 90Gb | PE150 | ¥140,000 | 4-6週 |
| 動植物 WGS（PCRフリー） | 90Gb | PE150 | ¥143,000 | 6-8週 |
| 細菌・真菌 WGS | 1Gb | PE150 | ¥28,000 | 4-6週 |
| 細菌・真菌 WGS（PCRフリー） | 1Gb | PE150 | ¥31,000 | 6-8週 |
| データ量別 WGS | お客様指定 | PE150 | 問合せ | 4-6週 |
| データ量別 WGS（PCRフリー） | お客様指定 | PE150 | 問合せ | 6-8週 |
| MGI platform | データ量 | 取得リード長 | 価格/1検体(税抜) | 納期 |
| ヒト・マウス WGS | 90Gb | PE150 | 問合せ | 問合せ |
※上記はDNA受入時の価格です。抽出のご依頼も承ります。納期はサンプル当社受領日からの起算です。
データ解析例
変異部位の可視化 (Rhelixa Variant Viewer) ※ヒトのみ
データ解析プラン価格（データ解析のみ）
-
高次解析
ベーシックプランお問い合わせ
お客様ご自身でサンプル群間の比較解析を進められることを前提に、シークエンスデータに基本解析を実施するプランです。種々の描画を実施しますので個別サンプル間のばらつきをスピーディに俯瞰頂けます。
1．データQC
2．リードクリーニング
3．マッピング
4．重複リードの除去
5．リアライメント
6．SNP/Indelの検出
7．SNP/Indelリストの作成
8．SNP/Indelへのアノテーション[dbSNP/SNPeFF]
10．Rhelixa Variant Viewerの提供（変異部位の視覚化）
※Rhelixa Variant Viewerはヒト検体のみが対象となります。 -
高次解析
スタンダードプランお問い合わせ
ベーシックプランの解析内容に加え、サンプル群間の比較解析を実施するプランです。比較解析対象とするサンプル群を確認するために、ヒアリングシートをご記入いただいた上でデータ解析を実施します。
1．データQC
2．リードクリーニング
3．マッピング
4．重複リードの除去
5．リアライメント
6．SNP/Indelの検出
7．SNP/Indelリストの作成
8．SNP/Indelへのアノテーション[dbSNP/SNPeFF]
9．SNP/Indelへのアノテーション[CCDS/1000人ゲノムプロジェクト]
10．Rhelixa Variant Viewerの提供（変異部位の視覚化）
11．CNV解析（生物種により要相談）
12．SV解析（生物種により要相談）
13．群特異的SNP/Indelリストの作成
14. GWAS（Genome Wide Association Study）解析
※Rhelixa Variant Viewerはヒト検体のみが対象となります。
※GWAS解析は多検体を前提とする解析となります。詳細はお問合せください。 -
高次解析プレミアムプラン
お問い合わせ
お客様の研究分野に関する情報を頂き、論文化や事業化までの研究サポートを行うコンサルティングサービスです。研究目的やご要望に応じたカスタム性の高い高次解析、公共データとの統合解析、論文作成を視野に入れた図版作成など、必要なご支援をオーダーメイドで実施します。
・公共データと統合解析
・閾値・パラメータ調整
・納品後ディスカッション
・解析結果解釈サポート
・Materials&Methods作成
・論文用図版作成など
※共同研究の検討も可能ですので、ご遠慮なくお問い合わせください。
※高次解析スタンダードプランにおける群特異的SNP/Indelリストの作成につきましては、1検体当たりの料金ではなく、2群1比較=1パターンとして、1パターン当たりでの料金設定となります。
※多群比較の場合、1パターンあたりの比較解析料金がディスカウントされますので、お問い合わせ備考欄に実験群（N=●，●群，計●●検体）と比較パターン数（●パターン）をご教示ください。
サンプル受入要件
よくある質問
DNA抽出は最低4検体以上から承っております。生物種・組織によって対応できない場合がございますのでご相談ください。抽出の基本料金は10,000円+税/1検体にて承っております。
変異検出の信頼性を保つため、当社では30xカバレッジ（ヒトの場合、90Gb）でのシーケンスを推奨しております。
[参考] データ量ごとの変異検出信頼性｜Figure 3, Illumina社 公式資料より
SNPおよびIndelに対して、トランスクリプトに対する塩基・アミノ酸置換部位・タンパク質への影響・疾患情報（Clinvar）におけるアリル頻度情報を付与します。
また、高次解析スタンダードプランをご依頼のお客様へは、変異部位を視覚的に確認できるアプリケーション（Rhelixa Variant Viewer）を提供します
ゲノムワイドに検出したSNPを用いて、特定の形質に作用する可能性のあるゲノム領域を探索します。
2群以上において各群で共通する、または群特異的なSNP/Indelを探索し、リストを作成します。