全ゲノムバイサルファイトシーケンス
(Whole Genome Bisulfite sequencing:WGBS)
全ゲノム領域を対象として次世代シーケンサーによるDNAメチル化 レベルの解析を行う手法です。Bisulfite試薬を用いてDNAを処理後、リファレンスゲノム配列から予想された仮想 Bisulfite処理DNA配列と、次世代シーケンサーで解読された配列を比較することで、個々のシトシン塩基のメチル化状態を解析します。
・DNAメチル化の網羅的解析に
・RNA-seqとの統合解析に
RRBSとの違い
DNAメチル化解析の意義
DNAのメチル化は対象配列のDNA結合因子との親和性を変化させるため、DNAの配列変異と同様に、遺伝子活性の変化を引き起こし得ます。このことから、通常の配列解析では見えない遺伝子活動の変化を明らかにする目的で実施されます。
また、DNAのメチル化が様々な疾患や健康状態に相関するエピジェネティック・バイオマーカーとして機能することが報告されています。
生データプラン価格(データ取得のみ)
データ転送費などの付帯費用コミ
多検体でさらにディスカウント◎
標準データ量 | 取得リード長 | 価格/1検体(税抜) | 納期 | |
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WGBS(ヒト) | 90Gb | PE150 | ¥215,000 | 6-8週 |
WGBS(動植物) | 30Gb | PE150 | ¥130,000 | 6-8週 |
WGBS | 1Gb | PE150 | ¥60,000 | 6-8週 |
WGBS(データ量指定) | お客様ご指定 | PE150 | 問合せ | 6-8週 |
※上記はDNA受入時の価格です。抽出のご依頼も承ります。納期は当社サンプル着日からご納品までの期間を示します。
データ解析プラン価格(データ解析のみ)
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ベーシック解析
価格お問合せ
基本的な解析を実施するプランです。ベーシック解析では各サンプルのDNAメチル化率の算出及び各種描画データを作成の上、群間比較解析前にメチル化傾向を把握することが可能です。
1.データQC
2.トリミング
3.マッピング
4.メチル化率の算出
5.リードカウント
6. ゲノム領域(遺伝子の位置情報)/CpG領域に基づくメチル化サイトへのアノテーション
7.図版作成(相関分析、主成分分析、階層的クラスタリング) -
スタンダード解析
価格お問合せ
ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。
オプション解析メニュー
・2群比較解析(DMC*・DMR**の計算および近傍遺伝子リストの抽出)
・DMC*・DMR**近傍遺伝子のGO解析
・IPAパスウェイ解析*DMC=Differentially methylated cytosine(可変メチル化シトシン)
**DMR=Differentially methylated region(可変メチル化領域)その他、RNA-seqデータとの統合解析なども対応できますので、お問い合わせください。
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オーダーメイド解析
価格お問合せ
ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが原則必要です。
・参考文献を基にした解析
・標準サービスメニューに複数回の閾値変更を加えた解析
・他アプリケーションデータとの統合解析
・公共データとの統合解析
・論文用図版作成など
※スタンダード解析における基本比較解析項目(DEG, GO, パスウェイ解析)につきましては、1検体当たりの料金ではなく、2群1比較=1パターンとして、1パターン当たりでの料金設定となります。
※多群比較の場合、1パターンあたりの比較解析料金がディスカウントされますので、お問い合わせ備考欄に実験群(N=●,●群,計●●検体)と比較パターン数(●パターン)をご教示ください。
※プレミアム解析プラン:上記プランのほかに、お客様の研究分野に関する情報を頂き、論文化や事業化までの研究サポートを行うプランもございます。
データ解析例
サンプル要件・ご依頼フォーム
よくある質問
DNA抽出は最低4検体以上から承っております。生物種・組織によって対応できない場合がございますのでご相談ください。
2群間以上の解析において、変動のあるメチル化シトシンを検出する解析です。
2群間以上の解析において、変動のあるメチル化部位を領域レベルで検出する解析です。
メチル化率が変動する領域の近傍遺伝子リストを抽出する解析です。
Biological process(生物学的機能)に基づいて付与される遺伝子のアノテーションを実施し、絞り込んだメチル化部位の近傍遺伝子の機能を大まかに把握する解析です。