DNAメチル化アレイ解析
（Infinium MethylationEPIC BeadChip）

ヒト検体におけるDNAメチル化解析には、イルミナ社の提供するInfinium MethylationEPICアレイがコストパフォーマンスに優れます。アレイをベースにした解析でありながら、重要なメチル化領域をほぼ全てカバーしているのが特徴です。解析は1塩基レベルではなく領域レベルとなりますが、エピジェネティックな意義を評価する目的には十分であるため、トップジャーナル掲載の論文を含む多くの研究で採用されています。

・85万箇所のメチル化サイトの包括的な解析に
・RNA-seqとの統合解析に

DNAメチル化解析の意義

DNAのメチル化は対象配列のDNA結合因子との親和性を変化させるため、DNAの配列変異と同様に、遺伝子活性の変化を引き起こし得ます。このことから、通常の配列解析では見えない遺伝子活動の変化を明らかにする目的で実施されます。

また、DNAのメチル化が様々な疾患や健康状態に相関するエピジェネティック・バイオマーカーとして機能することが報告されています。

生データプラン価格（データ取得のみ｜8検体単位）

※現在、Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip (935K)への製品移行期となります。

※Infinium MethylationEPIC BeadChip (850K)については、在庫が無くなり次第、サービス終了となりますので、ご了承ください。

※納期はサンプル受領日からの起算です。

データ解析プラン

• ベーシック解析

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  基本的な解析を実施するプランです。ベーシック解析では各サンプルのメチル化率の算出及び各種描画データを作成の上、群間比較解析前にDNAメチル化傾向を把握することが可能です。

  1.プローブのインポート（β値、強度、検出p値、ビーズ数の算出）
  2.各プローブのインポートの結果をもとにしたフィルタリング
  3.正規化
  4.バッチエフェクト補正
  5.MDS分析
  6.density plot解析
  7.階層的クラスタリング
  8.SVD解析（ヒートマップ／スクリープロット）

• スタンダード解析

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  ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。

  オプション解析メニュー
  ・2群比較解析（DMP*・DMR**の計算および近傍遺伝子リストの抽出）
  ・DMP*・DMR**近傍遺伝子のGO解析
  ・IPAパスウェイ解析

  *DMP＝Differentially methylated probe（可変メチル化プローブ）
  **DMR＝Differentially methylated region（可変メチル化領域）

  その他、RNA-seqデータとの統合解析なども対応できますので、お問い合わせください。

• オーダーメイド解析

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  ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが原則必要です。

  ・参考文献を基にした解析
  ・標準サービスメニューに複数回の閾値変更を加えた解析
  ・他アプリケーションデータとの統合解析
  ・公共データとの統合解析
  ・論文用図版作成など

※スタンダード解析における基本比較解析項目（DEG, GO, パスウェイ解析）につきましては、1検体当たりの料金ではなく、2群1比較=1パターンとして、1パターン当たりでの料金設定となります。

※多群比較の場合、1パターンあたりの比較解析料金がディスカウントされますので、お問い合わせ備考欄に実験群（N=●，●群，計●●検体）と比較パターン数（●パターン）をご教示ください。

※プレミアム解析プラン：上記プランのほかに、お客様の研究分野に関する情報を頂き、論文化や事業化までの研究サポートを行うプランもございます。

データ解析例

ゲノムおよびCpG区分別のメチル化サイト

ヒートマップ

Density plot

階層的クラスタリング

サンプルの受入要件

よくある質問