ChIP-seq
（Chromatin Immuno Precipitaton sequencing）
DNAと転写因子の複合体を抗体で免疫沈降し、沈降したDNA断片をシーケンスすることで、DNAのどの領域が転写因子と相互作用していたのかを明らかにする手法です。
・ゲノム上の転写因子、ヒストン修飾の標的捕捉に
・疾患や細胞変化に関連する重要な転写因子の定義に
・RNA-seqとの統合解析に
ATAC-seqとの違い
ChIP-seqはATAC-seqと異なり、特定の抗体を用いて免疫沈降を行うことで、特定の転写因子とDNAの相互作用部位を網羅的に明らかにすることが可能です。従い、特定の転写因子やヒストン修飾に興味が定まっている場合に有効な手法となります。
データ解析例
階層的クラスタリング
ヒートマップ
結合モチーフ解析
ピークのプロット
ゲノム領域のアノテーションとシグナルヒートマップ
k-meansクラスタリング
k-meansクラスタリングとシグナルヒートマップ
生データプラン価格（データ取得のみ｜２検体から）
データ転送費などの付帯費用コミ
多検体でさらにディスカウント◎
| 標準データ量 | 取得リード長 | 価格/1検体(税抜) | 納期 | |
|---|---|---|---|---|
| ChIP-DNAからのデータ取得 | 6Gb | PE150 | ¥35,000 | 6-8週 |
※上記はChIP-DNA受入時の価格です。納期はサンプル受領日からの起算です。
データ解析プラン価格（データ解析のみ）
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ベーシック解析
価格：お問合せ
基本解析を実施するプランです。種々の描画により、個別サンプル間のばらつきをスピーディに俯瞰頂けます。
1．データQC
－クオリティスコア
－重複リードの頻度
－重複リードの分布
2．リードクリーニング
3．マッピング
4．ピークコール
5．サンプル相関分析
6．主成分分析
7．階層的クラスタリング
8．ヒートマップ描画 -
スタンダード解析
価格：お問合せ
ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。
ベーシックプラン解析＋オプション解析
・2群比較解析（変動ピーク領域の検出および近傍遺伝子リストの抽出）
・結合モチーフ解析
・近傍遺伝子のGene Ontlogy解析
・IPAパスウェイ解析
その他、RNA-seqデータとの統合解析やChIP-Atlasを用いた既報との比較解析、スーパーエンハンサーの予測なども対応できますので、お問い合わせください。 -
プレミアム解析
価格：お問合せ
お客様の研究分野に関する情報を頂き、論文化や事業化までの研究サポートを行うコンサルティングサービスです。研究目的やご要望に応じたカスタム性の高い高次解析、公共データとの統合解析、論文作成を視野に入れた図版作成など、必要なご支援をオーダーメイドで実施します。
・公共データと統合解析
・閾値・パラメータ調整
・納品後ディスカッション
・解析結果解釈サポート
・Materials&Methods作成
・論文用図版作成など
※スタンダード解析における群間比較解析項目につきましては、1検体当たりの料金ではなく、2群1比較=1パターンとして、1パターン当たりでの料金設定となります。
※多群比較の場合、1パターンあたりの比較解析料金がディスカウントされますので、お問い合わせ備考欄に実験群（N=●，●群，計●●検体）と比較パターン数（●パターン）をご教示ください。
サンプルの受入要件
よくある質問
ATAC-seq/ChIP-seq解析において複数のサンプルにおけるシグナルパターンに基づき、全ゲノム領域レベルに対してクラスタリングを実施します。解析結果には、領域リストおよび各領域の近傍遺伝子リストが含まれます。時系列における比較において特に有効な解析手法です。
2群以上において共通する、もしくは群特異的なピークの絞り込みを行い、ピークのリード数の量比を算出します。解析結果には、領域リストおよび各領域の近傍遺伝子リストが含まれます。
群間でのOpen領域の比較を行い、両者で共通、または各群で異なるOpen領域を抽出します。
解析結果には、領域リストおよび各領域の近傍遺伝子リストが含まれます。
各群および比較解析により抽出された領域において、転写因子の結合モチーフを探索します。
解析結果には、各領域における転写因子結合モチーフリストが含まれます。
Biological process（生物学的機能）に基づいて付与される遺伝子のアノテーションを実施し、絞り込んだピークの近傍遺伝子の機能を大まかに把握します。
ChIP-AtlasデータベースにおけるChIP-seqデータと比較を行い、既知の転写因子またはヒストン修飾領域との関連性を予測します。