ChIP-seq
（Chromatin Immuno Precipitation sequencing）

DNAと転写因子の複合体を抗体で免疫沈降し、沈降したDNA断片をシーケンスすることで、DNAのどの領域が転写因子と相互作用していたのかを明らかにする手法です。

・ゲノム上の転写因子、ヒストン修飾の標的捕捉に
・疾患や細胞変化に関連する重要な転写因子の定義に
・RNA-seqとの統合解析に

ATAC-seqとの違い

ChIP-seqはATAC-seqと異なり、特定の抗体を用いて免疫沈降を行うことで、特定の転写因子とDNAの相互作用部位を網羅的に明らかにすることが可能です。従い、特定の転写因子やヒストン修飾に興味が定まっている場合に有効な手法となります。

生データプラン価格（データ取得のみ｜２検体から）

※上記はChIP-DNA受入時の価格です。納期はサンプル受領日からの起算です。

データ解析プラン価格（データ解析のみ）

• ベーシック解析

  価格お問合せ

  基本的な解析を実施するプランです。
  マッピング、ピークコール後、各種描画データを作成の上、群間比較解析前にシグナル傾向を把握することができます。（※InputコントロールやIgGコントロールの有無に関わらずご依頼可能です。）

  1．データQC
  2．トリミング
  3．マッピング
  4．ピークコール
  5．リードカウント及び正規化後シグナル値の算出
  6．ピーク領域への近傍遺伝子のアノテーション
  7．階層的クラスタリング、PCA、相関評価、ヒートマップ
  8. アグリゲーションプロット、シグナルヒートマップ

• スタンダード解析

  価格お問合せ

  ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。

  オプション解析メニュー
  ・2群比較解析（変動ピーク領域の検出および近傍遺伝子リストの抽出）
  ・結合モチーフ解析
  ・近傍遺伝子のGene Ontlogy解析

  その他、3群間以上での比較解析やRNA-seqデータとの統合解析、ChIP-Atlasを用いた既報との比較解析、スーパーエンハンサーの予測なども対応できますので、お問い合わせください。

• オーダーメイド解析

  価格お問合せ

  ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが原則必要です。

  ・参考文献を基にした解析
  ・標準サービスメニューに複数回の閾値変更を加えた解析
  ・他アプリケーションデータとの統合解析
  ・公共データとの統合解析
  ・論文用図版作成など

※多群比較の場合、1パターンあたりの比較解析料金がディスカウントされますので、お問い合わせ備考欄に実験群（N=●，●群，計●●検体）と比較パターン数（●パターン）をご教示ください。

※プレミアム解析プラン：上記プランのほかに、お客様の研究分野に関する情報を頂き、論文化や事業化までの研究サポートを行うプランもございます。

データ解析例

階層的クラスタリング

ヒートマップ

結合モチーフ解析

ピークのプロット

ゲノム領域のアノテーションとシグナルヒートマップ

k-meansクラスタリング

k-meansクラスタリングとシグナルヒートマップ

サンプルの受入要件

よくある質問