ChIP-seq
（Chromatin Immuno Precipitaton sequencing）
DNAと転写因子の複合体を抗体で免疫沈降し、沈降したDNA断片をシーケンスすることで、DNAのどの領域が転写因子と相互作用していたのかを明らかにする手法です。
・ゲノム上の転写因子、ヒストン修飾の標的捕捉に
・疾患や細胞変化に関連する重要な転写因子の定義に
・RNA-seqとの統合解析に
ATAC-seqとの違い
ChIP-seqはATAC-seqと異なり、特定の抗体を用いて免疫沈降を行うことで、特定の転写因子とDNAの相互作用部位を網羅的に明らかにすることが可能です。従い、特定の転写因子やヒストン修飾に興味が定まっている場合に有効な手法となります。
データ解析例
編集中
生データプラン価格（データ取得のみ｜２検体から）
| 標準データ量 | 取得リード長 | 価格/1検体(税抜) | |
|---|---|---|---|
| クロマチン免疫沈降後DNA断片からのデータ取得 | 2Gb | SE50 | ¥80,000 |
| 調製済みライブラリーからのデータ取得 | 2Gb | SE50 | ¥75,000 |
※サンプル受入要件につきましては、下記「技術資料」よりご確認ください。
データ解析プラン価格（データ解析のみ）
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高次解析
ベーシックプラン85,000円
/1検体お客様ご自身でサンプル群間の比較解析を進められることを前提に、シークエンスデータに基本解析を実施するプランです。種々の描画を実施しますので個別サンプル間のばらつきをスピーディに俯瞰頂けます。
1．データQC
－クオリティスコア
－重複リードの頻度
－重複リードの分布
2．リードクリーニング
3．マッピング
4．ピークコール
5．サンプル相関分析
6．主成分分析
7．階層的クラスタリング
8．ヒートマップ描画※上記はデータ解析のみの価格であり、シークエンス費用は含まれておりません。
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高次解析
スタンダードプランお問い合わせ
ベーシックプランの解析内容に加え、サンプル群間の比較解析を実施するプランです。比較解析対象とするサンプル群を確認するために、ヒアリングシートをご記入いただいた上でデータ解析を実施します。
1．データQC
－クオリティスコア
－重複リードの頻度
－重複リードの分布
2．リードクリーニング
3．マッピング
4．ピークコール
5．相関分析
6．主成分分析
7．階層的クラスタリング
8．ヒートマップ描画
9．chromHMMクラスタリング
10．ピークの絞り込み
11．群間比較解析
－Open領域の群間比較解析
－結合モチーフ解析
－近傍遺伝子のGO解析
－IPAパスウェイ解析
＜その他オプション＞
・スーパーエンハンサーの予測
・RNA-seqデータとの統合解析
・ChIP-seqデータとの統合解析
・公共データとの統合解析 -
高次解析
プレミアムプランお問い合わせ
お客様の研究分野に関する情報を頂き、論文化や事業化までの研究サポートを行うコンサルティングサービスです。研究目的やご要望に応じたカスタム性の高い高次解析、公共データとの統合解析、論文作成を視野に入れた図版作成など、必要なご支援をオーダーメイドで実施します。
・公共データと統合解析
・閾値・パラメータ調整
・納品後ディスカッション
・解析結果解釈サポート
・Materials&Methods作成
・論文用図版作成など
※共同研究の検討も可能ですので、ご遠慮なくお問い合わせください。
※高次解析スタンダードプランにおける群間比較解析項目につきましては、1検体当たりの料金ではなく、2群1比較=1パターンとして、1パターン当たりでの料金設定となります。
※多群比較の場合、1パターンあたりの比較解析料金がディスカウントされますので、お問い合わせ備考欄に実験群（N=●，●群，計●●検体）と比較パターン数（●パターン）をご教示ください。
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