『Visium空間的遺伝子発現解析』は、10x Genomics社のVisium HDプラットフォームを用いて、組織切片上の遺伝子発現を 高解像度（2µm × 2µmグリッド）で解析できるNGSベースの空間遺伝子発現解析です。
Visium HD は、組織切片を2µm × 2µmのサイズのグリッドでmRNAをキャプチャーし、シングルセルスケールで位置情報を保持したまま、遺伝子発現を網羅的解析を行うことで、組織構造・細胞集団の多様性・空間的遺伝子発現パターンを可視化する手法です。
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これにより、以下の項目を詳細に捉えることが可能になります。
- ・隣接細胞間の発現差
- ・組織境界や微小構造の遺伝子変化
- ・小さな細胞集団の特性
Visium HDには、ヒトもしくはマウスのプローブで遺伝子を検出するVisium HD WT Panelと、PolyAキャプチャー法を採用したVisium HD 3'があり、Visium HD WT Panelでは、ヒトは約18,000、マウスは約19,000種類の遺伝子をターゲットとしたプローブでの網羅的解析を実施します。またカスタムでプローブを作成することで、GFPなどの外来遺伝子や、ウイルス配列の検出も可能となります。Visium HD 3'はPolyAキャプチャー法でmRNAを検出するため、ヒト、マウスのみではなく、その他の生物種での解析が実現できます。
Xenium との違い
Visium HDは、Xeniumが採用するイメージングベースの「in situ 解析」とは異なり、NGSベースの空間遺伝子発現解析です。またXeniumは最大5,000遺伝子を対象としておりますが、Visium HDはほぼ全ての遺伝子を網羅的に解析するため、探索研究に適しています。
Visiumの主な強み
- ・探索研究に最適なほぼ全ての遺伝子を解析
- ・最小2µm×2µmの高解像度グリッドにより、シングルセルスケールの解析を実現
- ・組織全体を一括解析でき、細胞集団の空間パターンを網羅的に把握
- ・NGSベースのため、既存の手法による解析が可能なため自由度が高い
これらの特長により、細胞集団レベルの空間構造や、領域間の遺伝子発現差、腫瘍微小環境などを、全遺伝子の網羅情報をもとに解析することが可能です。