RNA-seq｜次世代シーケンス・データ解析受託 | 株式会社Rhelixa（レリクサ）

RNA-seq / 特殊RNA-seq

次世代シーケンサーを用いた遺伝子発現の網羅解析を実施します。
微量サンプルやFFPE由来サンプル、グロビン除去が必要となる全血由来サンプルにも対応いたします。
・既知遺伝子の発現定量解析
・未知の発現領域同定と定量
・スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出

マイクロアレイとの違い

特定のRNA配列をキャプチャーするマイクロアレイとは異なり、RNA-seqは転写産物を網羅的に検出することができます。転写産物全体の配列を調べることで未知のmRNAアイソフォームやスプライシングを含めた多くのRNA情報を得られる方法として汎用性が高く、比較可能な公共データが豊富に存在します。

生データプラン価格（データ取得のみ）

データ転送費などの付帯費用コミ
多検体でさらにディスカウント◎

Illumina platform	データ量	取得リード長	価格/1検体(税抜)	納期
真核生物（Poly-A選択法，Strand-Specific）	4Gb	PE150	¥32,000	4-7週
真核生物（rRNA除去法，Strand-Specific）	6Gb	PE150	¥54,000	5-7週
真核生物（微量RNAサンプル）	4Gb	PE150	¥50,000	5-8週
真核生物（FFPE由来RNAサンプル）	12Gb	PE150	¥88,000	5-8週
真核生物（グロビン除去あり）	6Gb	PE150	¥60,000	5-8週
原核生物（rRNA除去法，Strand-Specific）	1Gb	PE150	¥35,000	5-7週

※上記はtotal RNA受入時の価格です。納期は当社サンプル着日からご納品までの期間を示します。

データ解析プラン

ベーシック解析

価格お問合せ

基本的な解析を実施するプランです。各サンプルの遺伝子発現の定量及び各種描画データをもとに群間比較解析前に発現傾向を把握することができます。

1．データQC
2．トリミング
3．マッピング
4．リードカウント
5．TPM値/FPKM値/FPKM-UQ値の算出
6．相関分析
7．主成分分析
8．階層的クラスタリング
9．ヒートマップ描画
スタンダード解析

価格お問合せ

ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。

オプション解析メニュー
・発現変動遺伝子（DEG）解析
・GeneOntology解析*
・IPAパスウェイ解析*

*実施のために発現変動遺伝子(DEG)解析が必要となります。

その他、3群間以上での比較解析やGSEA解析、スプライシング解析、融合遺伝子解析、Transcript SNP解析、De novo transcriptome assemblyなども対応できますので、お問い合わせください。
オーダーメイド解析

価格お問合せ

ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが原則必要です。

・参考文献を基にした解析
・標準サービスメニューに複数回の閾値変更を加えた解析
・他アプリケーションデータとの統合解析
・公共データとの統合解析
・論文用図版作成など

見積もりこちらから

※スタンダード解析における基本比較解析項目（DEG, GO, パスウェイ解析）につきましては、1検体当たりの料金ではなく、2群1比較=1パターンとして、1パターン当たりでの料金設定となります。

※多群比較の場合、1パターンあたりの比較解析料金がディスカウントされますので、お問い合わせ備考欄に実験群（N=●，●群，計●●検体）と比較パターン数（●パターン）をご教示ください。

※プレミアム解析プラン：上記プランのほかに、お客様の研究分野に関する情報を頂き、論文化や事業化までの研究サポートを行うプランもございます。

グラフ作成ツール「Visualization」

データ解析プランを含むご依頼の場合、当社開発のグラフ作成ツール「RIAS(ライアス) Visualization」を試用いただく為にご提供致します。
本ツールは、以下のように活用いただけます。
・発現量の閾値を変えて、グラフを再作成する
・外れ値となるサンプルや不要な遺伝子を除いて、グラフを再作成する
・特定の遺伝子に注目してグラフを作成し、発現変動の有意性を評価する
・特定の生物学的機能に関わる遺伝子のみのヒートマップを作成する

「RIAS Visualization」トップ画面

当社バイオインフォマティクス解析の特長

DEG解析（スタンダード解析）

弊社のDifferentially Expressed Gene解析（＝DEG解析,発現変動遺伝子解析）では､2群間において有意に発現変動している遺伝子を抽出し､変動値とそのp値、q値を算出します。また､得られた結果を用いてヒートマップ、動的なMA plot、Volcano plotを描画し､遺伝子発現変動の全体像やその統計的な優位性を様々な角度から俯瞰的に掴みます。 GO解析やIPA解析を実施する上で必須の解析となります。

GO解析（スタンダード解析）

Gene Ontologyエンリッチメント解析では、2群間において有意に発現変動している遺伝子において特定の機能が濃縮(enrich)されているあるいは希薄 (purified)であるかを統計的に検定することで､発現変動遺伝子解析より得られる膨大な情報から生物学的な意義を解釈する助けとなります｡弊社ではGO解析用の種々Webサービスで解析ができない生物種の場合も幅広く対応が可能です。通常､濃縮されたGO termについて､有意差検定結果を棒グラフで可視化に表現しますが､弊社ではGO termの階層的なつながりを示すとともにバブルプロットでは発現上昇や減少する遺伝子群において検出される同じGO termについても､上昇と減少のどちらにより寄っているかを確認できます。これらのグラフを統合して解釈することで、棒グラフのみでは表現されない、検出された機能の関係性や関与する遺伝子の発現傾向までを一元化し、より多くの情報を視覚的に捉えることができます。

IPA解析（スタンダード解析）

IPA (Ingenuity® Pathway Analysis) はRNA-seqを中心とする様々な形式のデータから既知のパスウェイ・上流因子・毒性/疾患との関連を探索するためのソフトウェアです。Ph.D.エキスパートが精査した論文の知見をベースに、データに関わる化合物・疾病・毒性・生物学的機能・パスウェイを検索し、働きや関わる分子を可視化します。弊社は日本国内で唯一のIPA受託解析サービスプロバイダーです。年間のライセンスは不要、というお客様向けに1解析から承ります。ご納品後は、必要に応じてIPAの利用方法までサポートいたします。