ピーク比較解析ツール
RIAS
Peak Explorer
簡易的・直感的にアノテーション情報の比較解析
※本ツールは現在、弊社の「ATAC-seq」あるいは「ChIP-seq」のご依頼をいただいたお客様にご提供しております。
Peak Explorerの特徴
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ATAC-seq、ChIP-seqの網羅的なピークデータから論文で使用するピーク（条件特異的なピークや、サンプル間で共通するピーク）を抽出し、リスト化することができます。
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ピークを抽出した上で、アノテーションを付けることもできます。
（※現在はヒト・マウスのみ可能です。） -
ゲノム上の特定領域にあるピークの集計も可能です。
（※現在はヒト・マウスのみ可能です。） -
プログラミングの知識が不要で、どなたでもご利用可能な為、研究室内での解析手法の標準化が実現可能です。
Peak Explorerの
解析モジュール一覧
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Compare Peak Sets Triple
3つのピークリストに対して重複を評価し、特異的または共通のピークリストを作成します。
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Compare Peak Sets Double
2つのピークリストに対して重複を評価し、特異的または共通のピークリストを作成します。
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Merge Peak Sets Double
2つのピークセットに対して重複を評価し、和集合となるピークセットを作成します。
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Compute Peak Dist TSS
ピークセットについて転写開始点との距離に基づき集計します。
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Compute Peak Dist Genome Wide
ピークセットについて遺伝子との位置関係に基づき集計します。
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Assign Proximal Genes
ピークセットに含まれる各ピークに対して近傍遺伝子を割り当てます。
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Convert Bed To Fasta
ピークセットからゲノム上における該当領域の配列データを作成します。
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Adjust Peak Width
ピークセットに含まれる各ピークの幅を指定の幅に再調整します。
Peak Explorerの活用例
- 複数転写因子の共通・特異的な結合領域を予測する。
- 転写因子の条件特異的な標的遺伝子を予測する。
- 転写因子が条件の違いによりどのように結合領域を変化させるかを予測する。
- 細胞特異的なエンハンサー領域にどのような転写因子が結合するかを予測する。
