SCGJ2022 バイオインフォマティクスハッカソン
「シングルセルゲノミクス解析における新たなアプローチの探求」
| 概要 企画：株式会社Rhelixa / シングルセルゲノミクス研究会 開催日時：2022年8月2日(火)〜2022年8月26日(金) 発表日時：2022年8月30日(火) 時間は調整中 (表彰発表者のみ) 発表会場：みやこめっせ 開催形式：現在開催 + web参加 参加単位：最大5名までとするグループまたは個人 問い合わせ先：hackathon-admin@scg-j.net 実施内容 1. 実施テーマに基づき、解析・開発を実施する。 2. 結果と方法の概要について発表スライドにまとめる。 3. 発表スライドを開催日時中に指定メールアドレス（別途ご連絡）に送付する。 4. (本会のボードメンバーがアプローチの独自性の観点より２つの発表を選定する。) 5. 発表スライドに基づき発表を行う。 (２グループによる発表、各10~15分) 実施テーマ 以下の２つより選択してください。「独自のアプローチを用いて解析する」というコンセプトに則っていれば、解析の目的・結果の意義は問いません。 （公共データを用いる場合） 1. PBMCシングルセルRNA-seqデータ（Seuratチュートリアルデータ: https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz ）をダウンロードする。 2. Seuratチュートリアル (https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html) に記載されていないアプローチで解析を行い、その結果と方法の概要をスライドにまとめる。 （お手持ちのデータを用いる場合） 取得済みのデータを用いた解析について、その結果と方法の概要をスライドにまとめる。 実施例 ・Seuratに搭載されているUMAPやtSNEはマニュアル通り行うが、その結果の解釈に工夫を行なった。 ・複数のツールを用いて得られる結果の比較を行い、ツールごとの特徴を評価した。 ・計算時間を短縮するためのアルゴリズムを開発し、解析に適用した。 ・バッチエフェクト軽減のアルゴリズムを開発し、解析に適用した。 ・ダブレットや死細胞を評価するアルゴリズムを開発し、解析に適用した。 ・細胞のアノテーションを行う方法を開発し、解析に適用した。 優勝賞品 |