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SCGJ2022 バイオインフォマティクスハッカソン

「シングルセルゲノミクス解析における新たなアプローチの探求」


概要
企画:株式会社Rhelixa / シングルセルゲノミクス研究会
開催日時:2022年8月2日(火)〜2022年8月26日(金)
発表日時:2022年8月30日(火) 時間は調整中 (表彰発表者のみ)
発表会場:みやこめっせ
開催形式:現在開催 + web参加
参加単位:最大5名までとするグループまたは個人
問い合わせ先:hackathon-admin@scg-j.net
実施内容
1. 実施テーマに基づき、解析・開発を実施する。
2. 結果と方法の概要について発表スライドにまとめる。
3. 発表スライドを開催日時中に指定メールアドレス(別途ご連絡)に送付する。
4. (本会のボードメンバーがアプローチの独自性の観点より2つの発表を選定する。)
5. 発表スライドに基づき発表を行う。 (2グループによる発表、各10~15分)
実施テーマ
以下の2つより選択してください。「独自のアプローチを用いて解析する」というコンセプトに則っていれば、解析の目的・結果の意義は問いません。
(公共データを用いる場合)
1. PBMCシングルセルRNA-seqデータ(Seuratチュートリアルデータ: https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz )をダウンロードする。
2. Seuratチュートリアル (https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html) に記載されていないアプローチで解析を行い、その結果と方法の概要をスライドにまとめる。
(お手持ちのデータを用いる場合)
取得済みのデータを用いた解析について、その結果と方法の概要をスライドにまとめる。
実施例
・Seuratに搭載されているUMAPやtSNEはマニュアル通り行うが、その結果の解釈に工夫を行なった。
・複数のツールを用いて得られる結果の比較を行い、ツールごとの特徴を評価した。
・計算時間を短縮するためのアルゴリズムを開発し、解析に適用した。
・バッチエフェクト軽減のアルゴリズムを開発し、解析に適用した。
・ダブレットや死細胞を評価するアルゴリズムを開発し、解析に適用した。
・細胞のアノテーションを行う方法を開発し、解析に適用した。

優勝賞品
Rhelixa ロゴ入りTシャツ(人数分)
ユニバーサルスタジオジャパン・ペアチケット

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参加メンバー2人目

 

参加メンバー3人目

 

参加メンバー4人目

 

参加メンバー5人目

 

その他特記事項
参加規約
(1) 本ハッカソンにおいて参加者が創作・開発した成果物に関する著作権、知的財産権その他の権利は、創作・開発者たる参加者に帰属するものとします。但し、共催者および参加者は、共催者がシングルセルゲノミクス研究会の振興に即す目的での使用については、開催日から3か月間使用する権利を有するとします。
(2) 本ハッカソンの終了の前後を問わず、本ハッカソンへの参加によって知り得た共催者、他の参加者等の秘密事項(発表データに関する情報を含みます)および本ハッカソンの成果物(発明、考案、意匠、著作物等を含みますが、これに限りません。また、成果物に関連するアイディア、ノウハウ等を含みます。以下同じ) を、共催者および参加者の書面による事前承諾なく、第三者に開示又は漏えいしないものとします。
(3) 共催者、他の参加者等の著作権その他の知的財産権又は名誉、 プライバシーその他の権利を侵害し、又はその他の違法・不当な行為をしないものとします。
(4) 参加規約1の使用期限が到来したときには、成果物の複製データ全てを安全かつ確実に廃棄します。
(5) 本誓約書に違反し著作者に損害を与えた場合、私は損害賠償の責を負うものとします。
(6) 本誓約書に定めのない事項に関して疑義が生じた場合、著作者と協議します。