ChIP-Atalsについての共著論文を発表しました

当社代表取締役の仲木が共著の論文「ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data」が、2018年11月9日に国際学術雑誌「EMBO Reports」オンライン版から公開されました。本研究は、九州大学大学院・医学研究院・発生再生医学分野の沖 真弥助教、目野主税教授らとの共同研究成果となります。

この論文では、合計10万件、800兆バイトに及ぶ公開されたChIP-seq法による実験結果に、統一的なパイプラインで転写因子のDNA結合サイトについて8億箇所以上を同定した情報や、実験時に用いられた試料に関連する情報等を整理し、公開した世界初のデータベース(ChIP-Atlas : http://chip-atlas.org )と得られたピークに関する検索エンジンの開発、合わせて本サービスの利用事例について発表しています。

このWebサービスは、高校で学習する程度の転写因子やゲノムに関する基礎知識があれば、誰でも活用ができることを想定しています。本サービスを通じてどの転写因子が、どの細胞で、どの遺伝子に結合するのかについて、容易に理解することが可能となったことで、既に世界各国で遺伝子制御の仕組み、薬理作用、老化や疾患などの研究に利用されています。

著者:Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda,Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, and Chikara Meno

論文タイトル:ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data.

掲載誌:EMBO Reports, 2018, e46255.(doi: 10.15252/embr.201846255)

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カテゴリー: News

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